故事简介：　　清晨洗完澡后，保奈就准备乘列车上学。由于天冷路滑，在月台里差点滑倒的寻佑意外地遇见了保奈，而且还一见钟情，只可惜被一个粗暴的肥妹所阻，眼看着列车载着保奈开走了······之后几次，寻佑为了能看到保奈，都坐上很晚的列车，虽然能碰到她，但一直没有机会和心理准备去打招呼。　　一次，在列车准备开出时保奈匆忙地跑来，寻佑想捉住眼前的机会认识保奈，于是拼命阻止列车关门，并伸出手······不...

2000年9月13日，第二次冲击爆发。在南极大陆上发生的这起大灾难，造成地轴偏斜、海平面上升、全球气候改变，世界人口减半。2015年，不明巨型生物“使徒”在日本登陆，并向第3新东京市袭来。国联军与使徒的作战失败，作战指挥权移至NERV。碇真嗣被父亲NERV总司令碇源堂召唤而来，NERV作战部长葛城美里带其到地下都市NERV总部。最后半推半就地驾驶着泛用人型决战兵器EVANGELION初号机与使徒对...