就读穗群原学园的普通女生伊莉雅，在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖，并强制地被缔结契约，成为了魔法少女伊莉雅。此时已是红宝石之星持有人的她，也变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶，在其的命令之下，被迫帮忙回收职阶卡片。有一天遇到了从凛手上逃出来的万花筒之杖，并被强制变成魔法少女，成为魔法红宝石的持有人，被魔法红宝石的原主人凛强制要求帮其收回卡片。借由魔法红宝石的力量变身为魔法...

在未来世界,由于西太平洋突然出现的飓风“GROUND ROAR”，世界的气候发生了很大的突变。随之影响而带来海平面上升、海流变化、气候变动等等。给世界各国带来严重的损失，特别是亚洲区。这场被称为“OMEGA之变”，给人类带来了历史性的伤痛。“GROUND ROAR”发生后的五十余年，人类呕心沥血努力复兴世界，再次认识到海洋航线的重要性，由此迎来第二个大航海时代。可是在海洋发展的另一方面，现代化的...